آنچه در مثلث برمودا اتفاق افتاده به یکی از دلایل زیر است:

• طوفان‌های دریایی منطقه که طبیعی بوده و در نقاط دیگر هم اتفاق می‌افتد.
• پدیده “گلف استریم” که نوعی جریان آب طبیعی در منطقه است.
• خطای انسانی که شامل اشتباهات ناوبری و موارد مشابه است.
• تجمع نوعی گاز طبیعی (هیدرات متان) در پوسته های قاره‌ای که با کاهش تراکم و چگالی آب سبب فرو رفتن اجسام شناور می‌شود.

گفته شده که در منطقه فوق قطب‌نما به شکل معمول کار نمی‌کند. وبسایت نیروی دریایی در این‌باره می‌نویسد:
پدیده اشکال در قطب‌نما اتفاق نادری نیست و البته صحت دارد. جدا از آن که سالهاست سیستم ناوبری به وسیله ماهواره‌ها کار می‌کند و قطب‌نما استفاده‌ای در ناوبری ندارد.

فرضیه ۲:

 عده ای مثلث برمودا را مشتمل بر جزیره‌ای بنام خضرا و پایگاه و خانه امام دوازدهم شیعیان دانسته‌اند.در مورد «جزيرة خضراء» كتابهاي زيادي نوشته، و مطالب زيادي گفته شده است كه از جمله آن مطالب در مورد اقامتگاه حضرت ولي عصر (عجل الله تعالي فرجه الشريف) مي‌باشد. اما در قرآن كريم، آيه‌اي در اين باره نيامده است. در ماجرايي كه مرحوم مجلسي (ره) در جلد52 بحار الانوار ذكر مي‌كنند آمده است: «زين‌الدين، علي بن فاضل مازندراني در سال (690 ه‍.ق.) به اقيانوس اطلس سفر كرده و اطلاع يافته كه جزيره‌اي به نام «جزيره خضراء» وجود دارد كه اولاد حضرت ولي عصر (عجل الله تعالي فرجه الشريف) در آنجا زندگي مي‌كنند، او را به جزيرة خضراء برده‌اند، ناخدا توضيح داده كه اين آبها مانند «سُورِ بلد» (ديوارشهر) جزيره را احاطه كرده است و كشتي دشمنان هرگز نمي‌تواند از آنها بگذرد و به بركت حضرت ولي عصر (عجل الله تعالي فرجه الشريف) در آن آبها غرق مي‌شود.

-علامه حسن زاده آملی در پاسخ به این سوال می فرمایند:
 
راجع به اين مثلث برمودا كه خيلى حرفش هست متاسفانه آقايان فرمايشى را كه مى شنوند اينها را مى آورند اسناد مى دهند به دين و آيين و جزيره خضراء را با مثلث برمودا ارتباط دادند. چه كارها كردند، چه چيزها دنباله اين حرف آوردند و ديگران هم گرفتند اين را در اين كتاب و آن كتاب نوشتند.
به دين شريفى كه يكپارچه برهان و عقل است : قل هاتوا برهانكم ان كنتم صادقين .
اين به جاى خود، كه براى اثبات آن دليل و برهان داريم ، حرف داريم و برهان حكمى ، مطالب عرفانى ، آيات ، روايات در شرف متواتر و متضافر. اما حجتى كه روايات ما را به آن تشويق مى فرمايند كه عالم حجت مى خواهد لو لا الحجه لساخت الارض اين حجت يعنى عقل ، يعنى برهان ، يعنى دليل.
انسان كه به گزاف هر چيزى را نمى گويد، در حرفهايش تثبت مى خواهد، در پذيرفتنش تثبت و تدبر مى خواهد. دين ، دين عقل و برهان است .  

-پاسخ آیت الله بهجت درباره وجود امام زمان(عج) در برمودا

اخیرا كتابى نوشته شده درباره مثلث برمودا كه مولف در آن سعى كرده كه اثبات كند جزیره خضرائى كه در روایت دارد كه در آن جا با امام زمان ـ عجّل اللّه تعالى فرجه الشّریف ـ ملاقات حاصل شده،همان مثلث برمودا است.آیا این تطبیق درست است و آیا جزیره برمودا همان جزیره ى خضراء است؟

جواب معظم له: «امام ـ عجّل اللّه تعالى فرجه الشّریف ـ در هر كجا باشد، آن جا خضراء است. قلب مومن جزیره خضراء است، هر جا باشد حضرت در آن جا پا مى‌گذارد.
قلب‌ها از ایمان و نور معرفت خشكیده است. قلب آباد به ایمان و یاد خدا پیدا كنید، تا براى شما امضا كنیم كه امام زمان ـ عجّل اللّه تعالى فرجه الشّریف ـ آن جا هست.»

من که قانع شدم و شما چطور؟